Genomic analysis of pasteurella atlantica provides insight on its virulence factors and phylogeny and highlights the potential of reverse vaccinology in aquaculture

Pasteurellosis in farmed lumpsuckers, Cyclopterus lumpus, has emerged as a serious disease in Norwegian aquaculture in recent years. Genomic characterization of the causative agent is essential in understanding the biology of the bacteria involved and in devising an efficient preventive strategy. The genomes of two clinical Pasteurella atlantica isolates were sequenced (≈2.3 Mbp), and phylogenetic analysis confirmed their position as a novel species within the Pasteurellaceae. In silico analyses revealed 11 genomic islands and 5 prophages, highlighting the potential of mobile elements as driving forces in the evolution of this species. The previously documented pathogenicity of P. atlantica is strongly supported by the current study, and 17 target genes were recognized as putative primary drivers of pathogenicity. The expression level of a predicted vaccine target, an uncharacterized adhesin protein, was significantly increased in both broth culture and following the exposure of P. atlantica to lumpsucker head kidney leucocytes. Based on in silico and functional analyses, the strongest gene target candidates will be prioritized in future vaccine development efforts to prevent future pasteurellosis outbreaks.publishedVersio

SALARECON connects the Atlantic salmon genome to growth and feed efficiency

publishedVersio

An integrated systems biology approach to investigate transcriptomic data of thyroid carcinoma

Som følge av store framskritt i teknologi og innovativ tenkning har det blitt mulig å måle uttrykk av gener og hvordan dette uttrykket varierer over store grupper mennesker. Sammenligning av genuttrykk gjør det mulig å forske på komplekse sammenhenger mellom genuttrykk og sykdom. CSD-metoden er et rammeverk for å undersøke systematiske forskjeller i genetiske interaksjoner som er nyttig for å identifisere forskjellene som forårsaker sykdomsutvikling. I første del av denne oppgåven har vi sett på genuttrykk målt i skjoldbruskjertelen ved kreft. Skjortbrukskjertelkreft er den mest forekommende krefttypen blant de endokrine kjertlene. Det er en vanskelig kreft å bekjempe med nåværende behandlinger, og fører derfor ofte med seg dårlige sykdomsprognoser. På The Cancer Genome Atlas be genuttrykksprøver lasted ned og benyttet for å studere genuttrykksprofilen for denne krefttypen ved å sammenligne disse med prøver fra sunt vev. Med CSD-metoden greide vi å finne mange interessante genetiske korrelasjoner som framstilte et system med overpresentasjon for kreftrelaterte prosesser. Ved å se nærmere på disse, identifiserte vi potensielle kilder til feil i reguleringen av genuttrykk, for bland annet gener som er viktige i å koordinere ulike cellulære funksjoner som syntes å oppføre seg unormalt. Komparativ analyse av genuttrykk resulterte i nye kandidatgener som markører for skjoldbruskkjertelkreft. I den andre delen av oppgaven forsøkte vi å undersøke robustheten til CSD-metoden og finne mulige forbedringspotensialer. Kvalitetskontroll, inkludert korreksjon for kilder til forstyrrelser bland målinger i datasettene, viste seg å være viktig for å forsikre pålitelighet blant resultatene. En grunnleggende del av analysemetoder basert på samenfallende mønster i genuttrykk er å beregne korrelasjoner mellom uttykksmålingene. Her ble tre nye alternativer for å gjøre dette utforsket. Først ble vektet topologisk overlapp benyttet, og resulterte i et robust likhetsmål også for mindre datasett. Dette var spesielt nyttig for å finne interessante grupperinger av korrelerte gener. Den andre metoden var å beregne gjensidig informasjon, og besto i å implementere estimering av entropi. Denne viste seg å være mer avhengig av tilstrekkelig antall målepunkter men bidro til å belyse nye viktige genetiske interaksjoner som ikke de tidligere fremgangsmåtene fanget opp. En siste alternativ metode var en forenklet versjon av CSD-metoden, motivert av redusert beregningstid for anvendelse på store mengder genuttrykksmålinger. Dog denne lettere framgangsmetoden kan være preget av noen false positiver, vil den være nyttig i anvendelse på store sett med genuttrykksmålinger. For å evaluere kvaliteten til de utviklede metodene så vi på deres evne til å fremheve biologisk relevante genetiske interaksjoner. Alternative likhetsmål som utvidelser til CSDmetoden økte kunnskapen om skjoldbruskkjertelkreft og dro fram nye geninteraksjoner som kan bidra til å forstå sykdommen bedre samt å utvikle nye behandlinger i fremtiden

Impact Behaviors of Sandwich Composites Produced by Liquid Resin Infusion: Influences of the Process Parameters

International audienceThis article presents the results of research on sandwich materials manufactured by liquid resin infusion and designed to resist in low-velocity/low-energy impact applications. The sandwich plates are made of composites skins (GFRP) on a foam core. A manufacturing method was designed to produce samples in a one-shot process. Four manufacturing parameters were selected and combined: resin’s temperature, preform’s temperature, hardener type, and presence of nanoscaled additives. Their influences on the behavior of the samples during impact and the resulting damages were investigated. For each manufactured plate, nine samples were impacted with a 10 J drop-weight tower. Impacted samples were inspected with two nondestructive testing methods, visual inspection and infrared thermography. Samples were cut afterward to confirm conclusions and observe in-depth damages. Two impact behaviors and three damage types have been identified among all tested samples. The impact properties of the samples can be directly linked to the processing conditions. To ensure uniform mechanical properties, plates should be manufactured with isothermal conditions (same temperature in the preform and in the resin). If the manufacturing temperature is high enough, there is no significant influence on the impact behavior of the sandwich samples using slow or standard hardener. The higher the infusion temperature is, the more brittle the resulting composite. With nanoadditives in isothermal conditions, the resin’s viscosity is much higher, leading to a longer infusion and nonuniform properties

One Shot Sandwich Composite Structure by Liquid Resin Infusion: Influence of Manufacturing Process Parameters on Low Velocity Impact

International audienceno abstrac

One shot sandwich composite structure by LRI, influence of manufacturing process parameters on low velocity impact

International audienc

One Shot Sandwich Composite Structure by Liquid Resin Infusion: Influence of Manufacturing Process Parameters on Low Velocity Impact

International audienc

One Shot Sandwich Composite Structure by Liquid Resin Infusion: Influence of Manufacturing Process Parameters on Low Velocity Impact

International audienc

Système de Transport de Mortiers lors de Raids d’Artillerie Héliportés

National audienc

One Shot Sandwich Composite Structure by Liquid Resin Infusion: Influence of Manufacturing Process Parameters on Low Velocity Impact

International audienc